Programme Cartes d'identité des tumeurs

Cartes d'identité des tumeurs, abrégé par le sigle CIT, est un programme initié en 2000 et financé par la Ligue nationale contre le cancer, dans l'objectif de caractériser de multiples types de tumeurs grâce à l'analyse pangénomique de l'expression...



Catégories :

Organisation en cancérologie - Anatomo-pathologie - Dépistage et diagnostic - Traitement - Discipline de la biologie - Génétique - Biologie cellulaire - Biologie moléculaire - Acide nucléique - ADN - ARN - Bio-informatique - Logiciel de statistiques - Statistiques - Application de l'informatique - Progiciel de gestion intégré

Page(s) en rapport avec ce sujet :

  • Les acteurs du programme CIT. Calendrier. Actualités. Organisation - Instances. Site, mode d'emploi. Carte d'Identité des Tumeurs. Etablir la carte d'identité moléculaire des tumeurs consiste à définir l'ensemble des anomalies de structure... (source : www2.ligue-cancer.asso)
  • NOUVEAU SITE INTERNET DESTINÉ À LA COMMUNAUTÉ SCIE... 24/04/2009... Le programme «Cartes d'Identité des Tumeurs» (- CIT -) a été conçu et mis en place en ... (source : ligue-cancer)
  • Le programme «Carte d'Identité des Tumeurs (CIT)» cherche à caractériser les cibles et événements clés des cancers pour proposer une médecine... (source : cit.ligue-cancer)
Échantillons tumoraux contenus dans la base de données du programme répartis par type de cancer

Cartes d'identité des tumeurs, abrégé par le sigle CIT, est un programme initié en 2000 et financé par la Ligue nationale contre le cancer, dans l'objectif de caractériser de multiples types de tumeurs grâce à l'analyse pangénomique de l'expression des gènes couplée à celle des altérations chromosomiques, via l'utilisation de biotechnologies à haut-débit / biopuces.

Vers une médecine personnalisée

Ce programme doit permettre à terme pour chaque patient :

Un ensemble de processus et de technologies standardisés

Curation et standardisation des annotations cliniques et biologiques

Les informations relatives aux patients sont anonymisées et les annotations relatives au suivi clinique, mais aussi les résultats des différents tests biologiques et génétiques conduits sur les patients, sont inclus dans une base de données avec accès sécurisé (Annotator). La complétude et la consistance des informations sont vérifiées. Les annotations sont alors recodées selon des standards internationaux et internes. Ainsi, les analyses peuvent être conduites sur plusieurs projets avec l'assurance de la comparabilité des annotations.


Extraction et qualification des ADN et des ARN

La qualité des ressources biologiques forme un élément majeur de la reproductibilité des résultats obtenus. Le programme CIT a mis en place une plate-forme dédiée à l'extraction ainsi qu'à la qualification des ARN et des ADN, avec des protocoles validés et standardisés, ce qui permet d'optimiser le rendement de la plate-forme, d'implémenter des contrôles qualité de plus en plus fins, et de perfectionner la performance des hybridations ultérieures même en cas de dégradation partielle des échantillons tumoraux.

Les expériences de biopuces

Le programme CIT a fait le choix de technologies commerciales pour réaliser les hybridations sur biopuces, surtout'Affymetrix GeneChip Arrays'pour l'étude de l'expression des gènes, et'Illumina BeadChip Arrays'pour l'étude des allélotypes et des modifications de l'ADN. Un des points clés du programme CIT est de traiter le plus grand nombre envisageable d'échantillons sur la même plate-forme.

L'expertise biostatistique de CIT

Les données sont ensuite analysées au sein du programme en appliquant des méthodologies de référence de la littérature ou des développements internes innovants implémentés avec le logiciel libre de statistique R.

Des collaborations dans toute la France

Bâti sur des réseaux de chercheurs, pathologistes, médecins et bio-informaticiens, le programme implique 60 équipes de recherche et propose une des plus grandes bases de données de tumeurs en Europe, fondée sur un processus standardisé et contenant plus de 6 000 échantillons tumoraux annotés et 9 000 expériences de biopuces.

Des études génomiques sont aussi conduites sur des modèles murins pour certains types de cancer.

Lien externe

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La version présentée ici à été extraite depuis cette source le 07/04/2010.
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